Los datos de
lncRNA, mRNA y miRNA utilizados en el estudio se obtuvieron de
los conjuntos de datos GSE54238 y GSE63046 en la base
de datos GEO.
Procesamos el conjunto,
primero se eliminó las secuencias del enlazador de todos los datos pequeños de
RNA-seq y se conservó todas las secuencias originales de al menos 16 pb de
longitud. A continuación, se seleccionó la calidad de secuencia de estas
secuencias y se estableció la definición de bases de alta calidad (puntuación
Phred ≥20) en cada lectura hasta al menos el 90% de la duración total de la
lectura y una incertidumbre base de no más del 5%. Después de completar el
control de calidad y la limpieza de datos de los datos brutos, se eliminó las
secuencias de los ARN no codificantes, en los resultados de secuenciación de
acuerdo con la información registrada en la base de datos Rfam. Luego, se
alineó las secuencias filtradas y se realizó cálculos cuantitativos del miARN
utilizando miRDeep2 combinado con los miARN humanos conocidos registrados en
miRbase. La cuantificación de cada miARN se realizó utilizando el método
TPM (transcripciones por millón):6 / cantidad total de
lecturas. Finalmente, se excluyó los registros de miARN con niveles de
expresión cero en todas las muestras.
Fuente:
Gao, B., Zhang, X., Huang, Y., Yang, Z., Zhang, Y., Zhang, W., Gao, Z., Xue, D. Las redes
reguladoras de genes codificantes y no codificantes subyacen a la respuesta
inmune en la cirrosis hepática. (Internet) Actualizado mar 2017. (Citado 2 nov
2017). Disponible en: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5371304/
