PRUEBA MOLECULAR EN CIRROSIS HEPÁTICA

Los datos de lncRNA, mRNA y miRNA utilizados en el estudio se obtuvieron de los conjuntos de datos GSE54238 y GSE63046 en la base de datos GEO. 

Procesamos el conjunto, primero se eliminó las secuencias del enlazador de todos los datos pequeños de RNA-seq y se conservó todas las secuencias originales de al menos 16 pb de longitud. A continuación, se seleccionó la calidad de secuencia de estas secuencias y se estableció la definición de bases de alta calidad (puntuación Phred ≥20) en cada lectura hasta al menos el 90% de la duración total de la lectura y una incertidumbre base de no más del 5%. Después de completar el control de calidad y la limpieza de datos de los datos brutos, se eliminó las secuencias de los ARN no codificantes, en los resultados de secuenciación de acuerdo con la información registrada en la base de datos Rfam. Luego, se alineó las secuencias filtradas y se realizó cálculos cuantitativos del miARN utilizando miRDeep2 combinado con los miARN humanos conocidos registrados en miRbase. La cuantificación de cada miARN se realizó utilizando el método TPM (transcripciones por millón):6 / cantidad total de lecturas. Finalmente, se excluyó los registros de miARN con niveles de expresión cero en todas las muestras. 

Fuente:

Gao, B., Zhang, X., Huang, Y., Yang, Z., Zhang, Y., Zhang, W., Gao, Z., Xue, D. Las redes reguladoras de genes codificantes y no codificantes subyacen a la respuesta inmune en la cirrosis hepática. (Internet) Actualizado mar 2017. (Citado 2 nov 2017). Disponible en: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5371304/